Introduction
Les infections génitales représentent l'un des motifs de consultation les plus fréquents en gynécologie. L'examen microbiologique doit être guidé par un examen clinique soigneux et adapté aux recommandations actuelles.
Classification des infections génitales
🔽 Infections basses
- Vulvo-vaginites
- Bartholinites
- Cervicites (exo- et endocervicites)
- Urétrites
🔼 Infections hautes (IGH)
- Endométrites
- Salpingites
- Abcès tubo-ovariens
- Pelvipéritonites
Urgence diagnostique
Les IGH peuvent mettre en jeu la fertilité et le pronostic vital.
Signes cliniques évocateurs par entité
| Entité | Signes fonctionnels principaux | Signes cliniques | Particularités |
|---|---|---|---|
| Vulvo-vaginite | Leucorrhées anormales, prurit vulvaire, brûlures, dyspareunie, dysurie | Érythème vulvo-vaginal, dépôts blanchâtres ou gris | pH vaginal souvent élevé dans la vaginose |
| Cervicite | Leucorrhées purulentes, métrorragies, saignements post-coïtaux | Col inflammatoire, friable, endocol purulent | Asymptomatique dans ~50 % des cas ! |
| IGH (salpingite…) | Douleurs pelviennes spontanées/provoquées, fièvre > 38°C | Défense hypogastrique, douleur à la mobilisation utérine | Leucorrhées purulentes, métrorragies possibles |
| Ulcérations génitales | Lésions douloureuses (herpès, chancre mou) ou indolores (syphilis) | Ulcération unique ou multiple, adénopathies inguinales | Rechercher co-infection IST systématiquement |
| Bartholinite | Douleur vulvaire unilatérale, tuméfaction | Gonflement de la grande lèvre, fluctuation | Germes souvent plurimicrobiens ; évoquer gonocoque |
Autres indications de prélèvements
📋 Indications non infectieuses
- Frottis cervico-vaginal (FCV) de dépistage (cancer du col)
- Test HPV (dépistage 25–65 ans)
- Biopsie du col (colposcopie dirigée)
- Prélèvement endométrial (suspicion cancer, hyperplasie)
- Frottis de maturité (index maturationnel, ménopause)
- Frottis vulvaire (lésions intraépithéliales vulvaires)
- Dépistage SGB (streptocoque B) en fin de grossesse (35–37 SA)
- Bilan infertilité (culture endocervicale Chlamydia…)
Prérequis avant tout prélèvement
Conditions impératives
Le respect des conditions de prélèvement conditionne la qualité et l'interprétabilité des résultats microbiologiques.
🚫 Arrêts obligatoires avant prélèvement
| Substance | Délai minimum |
|---|---|
| Antibiotiques systémiques | 7 à 10 jours |
| Antifongiques locaux | 7 jours |
| Toilette vaginale | 48 heures |
| Rapports sexuels | 24 à 48 heures |
| Ovules, crèmes vaginales | 48 heures |
En dehors des règles (sauf urgence diagnostique).
📝 Fiche de renseignements (obligatoire)
Données démographiques
- Nom, prénom, âge, date de prélèvement
- Médecin prescripteur
Contexte clinique essentiel
- Symptômes précis et durée d'évolution
- Date des dernières règles
- Statut hormonal / contraception en cours
- Grossesse (terme si applicable)
- Antécédents d'IST
- Notion de partenaire(s) à risque
- Statut VIH si connu
- Immunodépression (corticoïdes, chimiothérapie…)
- Traitements en cours ou récents
Matériel indispensable
🧰 Équipement standard du cabinet
Prélèvements microbiologiques
- Écouvillons floqués (type ESwab™) — 2 minimum
- Milieux de transport universels
- Kits PCR multiplex IST (Chlamydia, Gonocoque, Trichomonas, Mycoplasmes…)
- Bandelettes pH (4 – 5,5)
- Lames pour état frais (examen direct)
- Spéculums stériles non lubrifiés (eau tiède si besoin)
Prélèvements cytologiques / histologiques
- Spatule d'Ayre / brosse endocervicale / Cytobrush
- Milieu liquide ThinPrep® ou SurePath® (cytologie en base liquide)
- Lames et fixateur (cytologie conventionnelle)
- Pinces à biopsie (punch) de type Tischler / Kevorkan
- Formol à 4 % (fixateur histologique)
- Curette de Novak / pipelle de Cornier (endomètre)
🔬 Prélèvement vaginal
Microbiologie
État frais
PCR
Parois vaginales + cul-de-sac postérieur. pH + Whiff test. Examen direct immédiat possible.
🔬 Prélèvement endocervical
IST
Chlamydia
Gonocoque
Après nettoyage de l'exocol. Brosse endocervicale ou écouvillon fin. Incontournable si suspicion IST.
🩺 Frottis cervico-vaginal (FCV)
Cytologie
Dépistage
HPV
Dépistage cancer du col. Spatule + brosse ou prélèvement combiné sur milieu liquide. De 25 à 65 ans.
🔬 Prélèvement endométrial
Histologie
Cytologie
Endométrite
Pipelle de Cornier ou curette. Indiqué : suspicion cancer, endométrite, anomalie échographique.
🔬 Prélèvement vulvaire
Herpès
Ulcération
Biopsie
Grattage/écouvillonnage de lésion. PCR HSV sur ulcération. Biopsie si VIN ou lésion chronique.
🔬 Prélèvement urétral
Gonocoque
Urétrite
Chlamydia
Complète le prélèvement endocervical. À réaliser à distance d'une miction (> 2 h).
Technique générale d'un prélèvement vaginal
Positionnement : Patiente en position gynécologique. Éclairage optimal. Spéculum stérile non lubrifié (eau tiède si nécessaire).
Inspection : Visualiser le col, les parois vaginales, la nature et la couleur des leucorrhées. Vérifier la mobilité cervicale.
1er écouvillon : Prélèvement des parois vaginales latérales et du cul-de-sac postérieur par rotation douce. Destiné à l'examen direct ± culture.
2e écouvillon : Prélèvement identique pour PCR multiplex (IST) ou culture bactériologique standard.
pH vaginal : Bandelette appliquée sur la paroi vaginale. Normal : 3,8 – 4,5. Élevé (> 4,5) = évocateur de vaginose ou trichomonase.
Test aux amines (Whiff test) : 1 goutte de KOH 10 % sur le prélèvement. Odeur de poisson = évocatrice de vaginose bactérienne.
Examen direct : Si possible immédiatement en cabinet (état frais au microscope : Trichomonas, clue cells, levures).
Transport : Milieu de transport universel. Acheminement au laboratoire sous 2 h (ou selon milieu spécifique). Identifier clairement les flacons.
Attention — Prélèvement endocervical
Le prélèvement endocervical est distinct du prélèvement vaginal. Il nécessite d'essuyer d'abord le mucus exocervical avant d'introduire la brosse dans l'endocol (rotation de 360°). Il est indispensable pour le dépistage de Chlamydia trachomatis et de Neisseria gonorrhoeae.
Tableau récapitulatif des techniques par site
| Site | Matériel recommandé | Technique | Analyse demandée |
|---|---|---|---|
| Vagin (parois) | Écouvillon floqué × 2 | Rotation douce + cul-de-sac postérieur | Culture, état frais, PCR IST, pH |
| Endocol | Écouvillon fin / brosse endocervicale | Nettoyage exocol → introduction 1–2 cm → rotation 360° | PCR Chlamydia/Gonocoque, culture |
| Exocol (FCV) | Spatule d'Ayre + cytobrush | Zone de jonction jonction squamo-cylindrique | Cytologie cervicale (Bethesda) |
| Endomètre | Pipelle de Cornier | Franchissement du col + aspiration | Histologie, culture (endométrite) |
| Vulve (lésion) | Écouvillon + anse de Vidal | Grattage du fond de l'ulcération | PCR HSV1/2, culture, frottis |
| Urètre | Écouvillon fin dédié | Introduction 1–2 cm, rotation | PCR Chlamydia/Gonocoque |
| Cul-de-sac de Douglas | Culdocentèse / cœlioscopie | Prélèvement per-cœlioscopique | Culture aérobie + anaérobie (IGH) |
Types d'examens microbiologiques
🔭 Examen direct (état frais)
Réalisable au cabinet ou au laboratoire. Observation entre lame et lamelle du prélèvement vaginal frais, non coloré.
Ce que l'on recherche :
- Trichomonas vaginalis : protozoaire flagellé mobile
- Clue cells (cellules indicatrices) : cellules épithéliales recouvertes de Gardnerella → vaginose
- Levures / pseudofilaments : Candida spp.
- Polynucléaires : orientation vers cervicite ou vaginite bactérienne
- Diplo-cocci intra-cellulaires : suggestifs de gonocoque (à confirmer par culture)
L'état frais est un examen rapide d'orientation, non suffisant seul pour poser un diagnostic définitif.
🧫 Culture bactériologique
Gold standard pour l'identification du germe et l'antibiogramme. Résultats en 24–72 h selon le germe.
Milieux utilisés :
- Gélose chocolat (Neisseria, Haemophilus)
- Gélose au sang (germes aérobies standards)
- Milieu sélectif de Thayer-Martin (gonocoque)
- Milieu de Sabouraud (levures)
- Milieu anaérobie (si IGH, abcès)
Délai d'acheminement :
- Gonocoque : extrêmement fragile — culture sous 2 h ou écouvillon en milieu de transport spécifique
- Culture standard : milieu de transport universel, 24 h maximum
🧬 PCR multiplex — Examens moléculaires
Technique de référence pour la détection des IST. Haute sensibilité et spécificité. Disponible sur écouvillon vaginal, endocervical ou urinaire (1er jet).
| Germe | Méthode recommandée | Type de prélèvement | Commentaire |
|---|---|---|---|
| Chlamydia trachomatis | PCR | Endocol, vagin, 1er jet urine | À faire systématiquement < 25 ans et si IST suspectée |
| Neisseria gonorrhoeae | PCR + culture | Endocol, urètre, gorge, rectum | Culture obligatoire pour antibiogramme |
| Trichomonas vaginalis | PCR ou état frais | Vaginal | PCR plus sensible que l'état frais |
| Mycoplasma genitalium | PCR | Endocol, vaginal | Résistances aux macrolides à dépister si disponible |
| HSV 1 et 2 | PCR | Fond d'ulcération | Supérieur à la culture pour les lésions vieillissantes |
| HPV (dépistage) | Test HPV HR | Exocol + endocol (LBC) | Co-test FCV + HPV ou test HPV seul selon âge |
| Streptocoque B (SGB) | Culture / PCR | Vagino-rectal (35–37 SA) | Prélèvement combiné vagino-rectal en fin de grossesse |
Critères de Amsel — Vaginose bactérienne
Diagnostic positif si ≥ 3 critères sur 4
Le diagnostic de vaginose bactérienne repose sur les critères d'Amsel (clinique + laboratoire). Aucun critère seul n'est suffisant.
| # | Critère d'Amsel | Positif si |
|---|---|---|
| 1 | Leucorrhées grisâtres, homogènes, peu abondantes | Aspect caractéristique à l'examen |
| 2 | pH vaginal | > 4,5 |
| 3 | Test aux amines (Whiff test) | Odeur de poisson au KOH 10 % |
| 4 | Clue cells à l'état frais | ≥ 20 % des cellules épithéliales recouvertes |
Germes et syndromes — Correspondances cliniques
| Syndrome | Germes principaux | Orientation diagnostique |
|---|---|---|
| Vaginite candidosique | Candida albicans (85–90 %) | Leucorrhées blanches caillebottées, prurit intense, pH normal |
| Vaginose bactérienne | Gardnerella vaginalis, anaérobies | Leucorrhées grisâtres, odeur de poisson, pH > 4,5, clue cells |
| Trichomonase | Trichomonas vaginalis | Leucorrhées jaune-verdâtres, mousseuses, pH élevé, prurit |
| Cervicite/urétrite | Chlamydia, Gonocoque | Souvent asymptomatique, endocol purulent |
| Herpès génital | HSV-2 (++) / HSV-1 | Ulcérations douloureuses, vésicules, adénopathies |
| Syphilis primaire | Treponema pallidum | Chancre indolore, adénopathies inguinales indolores |
| IGH (salpingite) | Chlamydia, Gonocoque, anaérobies, BV flora | Douleurs pelviennes, fièvre, défense |
| Vaginite à Mycoplasma | M. hominis, M. genitalium | Cervicite, urétrite, souvent coinfection avec Chlamydia |
Frottis cervico-vaginal (FCV)
🩺 Principes du dépistage organisé (France)
| Âge | Examen recommandé | Rythme | Commentaire |
|---|---|---|---|
| 25–29 ans | FCV cytologie seule | J0, J12 mois, puis J36 mois | 2 FCV à 1 an d'intervalle, puis tous les 3 ans |
| 30–65 ans | Test HPV HR (co-test possible) | Tous les 5 ans | Si HPV(–) : 5 ans. Si HPV(+) : cytologie réflexe |
| > 65 ans | Arrêt si 3 derniers normaux | — | Sauf antécédent de CIN2+ traité (suivi 20 ans) |
🔬 Technique — Cytologie en base liquide (CBL) recommandée
Mise en place du spéculum : Non lubrifié. Visualisation de la totalité de la zone de jonction (ZJ).
Nettoyage de l'exocol : Essuyer délicatement le mucus sans gratter.
Prélèvement de l'exocol : Spatule d'Ayre ou brosse combinée centrée sur l'orifice cervical externe. Rotation à 360°.
Prélèvement de l'endocol : Cytobrush ou partie centrale de la brosse combinée dans le canal endocervical.
Rinçage dans le flacon CBL : Agiter et rincer la brosse dans le milieu liquide. NB : en cytologie conventionnelle, étaler immédiatement sur lame et fixer.
Conservation et envoi : Flacon CBL à température ambiante. Acheminement sous 48 h. Fiche de renseignements jointe.
Prélèvement non satisfaisant si
Moins de 8 000 cellules malpighiennes (CBL), absence de cellules endocervicales, artefacts de séchage (cytologie conventionnelle), col non visualisé.
Classification de Bethesda 2014 — Résultats cytologiques
| Catégorie Bethesda | Signification | Conduite à tenir habituelle |
|---|---|---|
| NILM | Négatif pour lésion intraépithéliale ou malignité | Rythme de dépistage habituel |
| ASC-US | Cellules malpighiennes atypiques de signification indéterminée | Test HPV réflexe → si (+) colposcopie |
| ASC-H | Cellules atypiques ne permettant pas d'exclure HSIL | Colposcopie immédiate |
| LSIL | Lésion intraépithéliale de bas grade (CIN 1) | Colposcopie |
| HSIL | Lésion intraépithéliale de haut grade (CIN 2–3) | Colposcopie + biopsie dirigée |
| AGC | Cellules glandulaires atypiques | Colposcopie + curetage endocervical |
| Carcinome | Carcinome malpighien ou adénocarcinome | Bilan d'extension + prise en charge oncologique |
Biopsies — Prélèvements histologiques
| Type | Indication principale | Technique | Anesthésie |
|---|---|---|---|
| Biopsie du col | Lésion colposcopique, FCV HSIL | Pince de Tischler sur zone lugol-négative | Non (rarement) |
| Biopsie de l'endomètre | Saignements anormaux, suspicion cancer, hyperplasie | Pipelle de Cornier (sans dilatation) | Non (douleur modérée) |
| Biopsie du vagin | VAIN, lésions chroniques vaginales | Pince à biopsie sous colposcopie | Locale |
| Biopsie de la vulve | VIN, ulcération chronique, lésion suspecte | Punch biopsy (4–6 mm) ou biopsie à l'emporte-pièce | Locale (Xylocaïne® 1 %) |
| Bistournage polype col | Polype endocervical visible | Rotation à la pince | Non |
📊 Frottis de maturité (index maturationnel)
Prélèvement du tiers supérieur de la paroi vaginale latérale. Réalisé à distance de toute infection. Utile pour évaluer l'imprégnation estrogénique (ménopause, atrophie).
Index maturationnel (IM)
- % cellules superficielles / intermédiaires / profondes
- Forte estrogénisation : IM déplacé à droite (superficielles dominantes)
- Atrophie : IM déplacé à gauche (cellules profondes dominantes)
Valeur de l'index caryo-pycnotique (ICP)
- ICP normal (femme en activité) : 20–35 %
- ICP > 40 % : hyperestrogénisme relatif
- ICP < 10 % : atrophie
Interprétation des résultats — Arbre décisionnel simplifié
Principe général
L'interprétation d'un résultat microbiologique doit toujours être corrélée au contexte clinique. Un germe isolé en culture ne signifie pas nécessairement une infection si la patiente est asymptomatique.
| Résultat | Signification clinique | Traitement habituel | Partenaire |
|---|---|---|---|
| Candida albicans isolé | Vulvo-vaginite candidosique | Azolé local (éconazole, clotrimazole) ou systémique (fluconazole 150 mg) | Non nécessaire sauf récidives |
| Critères d'Amsel (≥ 3/4) | Vaginose bactérienne | Métronidazole 500 mg × 2/j × 7 j PO ou gel vaginal | Non (non IST) |
| Trichomonas à l'état frais ou PCR | Trichomonase | Métronidazole 2 g dose unique (les 2 partenaires) | Oui — traitement simultané obligatoire |
| Chlamydia trachomatis PCR (+) | Infection à Chlamydia | Doxycycline 100 mg × 2/j × 7 j (ou azithromycine 1 g dose unique) | Oui — dépistage et traitement obligatoires |
| Neisseria gonorrhoeae PCR/culture (+) | Gonococcie | Ceftriaxone 500 mg IM dose unique + azithromycine (selon protocole) | Oui — obligatoire |
| HSV 1 ou 2 PCR (+) | Herpès génital (primo ou récurrence) | Aciclovir 400 mg × 3/j × 7–10 j (primo) ou 5 j (récurrence) | Information + dépistage sérologique |
| SGB positif (fin grossesse) | Portage Streptocoque B | Prophylaxie antibiotique en per-partum (pénicilline G) | Non applicable |
| Culture négative — symptômes persistants | Vaginite non infectieuse ? Atrophie ? Allergie ? | Réévaluation clinique, bilan complémentaire | — |
Conduite à tenir selon le résultat du test HPV
| Test HPV | Cytologie associée | Conduite |
|---|---|---|
| HPV (–) | — | Contrôle dans 5 ans (dépistage normal) |
| HPV (+) non 16/18 | NILM | Contrôle co-test à 1 an |
| HPV (+) non 16/18 | ASC-US ou LSIL | Colposcopie |
| HPV 16 ou 18 (+) | Tout résultat cytologique | Colposcopie directe (risque élevé) |
| HPV (+) non 16/18 | ASC-H / HSIL / AGC | Colposcopie + biopsie dirigée |
Signalement obligatoire
Les infections à gonocoque et à Chlamydia sont des IST à déclaration non obligatoire en France mais leur notification volontaire au réseau Rénago/RésIST est recommandée. La syphilis et le VIH sont des maladies à déclaration obligatoire (DO).
🔍 Aide au choix du prélèvement
Sélectionnez la situation clinique pour obtenir les prélèvements recommandés.
🔬 Prélèvements recommandés
Rappel médico-légal
Ces recommandations sont indicatives et ne remplacent pas le jugement clinique. Adapter en fonction du contexte individuel de la patiente.
✔ Check-list de prélèvement gynécologique
Cochez chaque étape pour garantir la qualité du prélèvement.
1 Avant le prélèvement
2 Pendant le prélèvement
3 Après le prélèvement
4 Résultats & suivi
Progression globale
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